פיסטולות מרה חיצוני נוצרות בדרך כלל לאחר התערבויות כאלה על דרכי המרה, כגון cholecystotomy, ניקוז transhepatic של צינורות המרה ואת ניקוז של צינור המרה המשותף באמצעות צינור T. לעתים רחוקות מאוד, fistulas יכול להיווצר כמו סיבוך של cholelithiasis, סרטן כיס המרה, או טראומה על צינור המרה.