סוגים מסוימים של צהבת אוטואימונית הקימו בבירור סיבות הקשורות סוכנים ידועים אחרים, כגון thienyl חומצה (משתן), או מחלות, כגון הפטיטיס C ו- D. באופן כללי, יש תמונה קלינית בהירה בחולים עם הפטיטיס אוטואימונית שגורם לה אינו ידוע, בשבילו פעילות גבוהה יותר של transaminases בסרום ורמת y-globulin אופיינית; שינויים היסטולוגיים ברקמת הכבד מצביעים על פעילות גבוהה יותר מאשר במקרים עם אטיולוגיה ידועה, והתגובה לטיפול בקורטיקוסטרואידים טובה יותר.