לסוגים מסוימים של דלקת כבד אוטואימונית אין סיבה ברורה, בעוד שאחרים קשורים לגורמים ידועים כגון חומצה תיאנית (משתן) או למחלות כגון דלקת כבד C ו-D. באופן כללי, דלקת כבד אוטואימונית מאטיולוגיה לא ידועה בעלת תמונה קלינית דרמטית יותר, עם פעילות טרנסאמינאז גבוהה יותר בסרום ורמות γ-גלובולין, היסטולוגיה של הכבד מצביעה על פעילות גבוהה יותר מאשר במקרים של אטיולוגיה ידועה, ותגובה טובה יותר לטיפול בקורטיקוסטרואידים.