נגיף הפפילומה האנושי (HPV) מהווה איום חמור. בדיקות אבחון נחוצות כדי לקבוע את זן הזיהום ואת הסיכון האונקוגני שלו. מידע זה מאפשר פיתוח תוכנית הטיפול המתאימה והיעילה ביותר.
בניגוד לשיטות סרולוגיות לאבחון זיהום בשחפת, המזהות נוגדנים ל-Mycobacterium tuberculosis, PCR מאפשר זיהוי ישיר של DNA של Mycobacterium tuberculosis וביטוי כמותי של ריכוזם בחומר הבדיקה.
לאחרונה, נעשה שימוש בזיהוי DNA של HSV 1 ו-2 בחומר משלפוחיות וכיבים של העור או הריריות (כולל הלחמית של העיניים) באמצעות שיטת PCR (שיטת אבחון רגישה, ספציפית ומהירה מאוד) לאבחון זיהום בהרפס.
קביעה כמותית ישירה של RNA HIV באמצעות PCR מאפשרת ניבוי מדויק יותר של קצב התקדמות המחלה אצל אנשים נגועי HIV מאשר ספירת תאי CD4+, ולכן הערכה מדויקת יותר של הישרדותם. ספירת חלקיקים נגיפיים גבוהה בדרך כלל מתואמת עם פגיעה חיסונית חמורה וספירת תאי CD4+ נמוכה.
