כאשר רקמות החניכיים נפגעות מזיהום, הדלקת שלהן מתפתחת עם היווצרות נפיחות - דלקת חניכיים בצקת או צורה בצקתית של דלקת חניכיים היפרטרופית, שבה יש עליה מוגזמת ברקמות הרכות של החניכיים - האפיתל של צוואר השיניים ו הרירית של פפילות בין שיניים.
דלקת חניכיים היפרטרופית סיבית היא מחלה דלקתית כרונית המלווה בצמיחה תגובתית של מרכיבי רקמת חיבור סיבית ומבנים בסיסיים של אפיתל החניכיים מבלי לפגוע בשלמות ההתקשרות הדנטו-גיניבלית.
פיסטולה על החניכיים יכולה להופיע מסיבות שונות, אך לרוב מדובר בסיבוך של התהליך הדלקתי בחניכיים, באזור חלל הפה, השן. לעתים קרובות פיסטולה מתרחשת כאשר שן בינה בוקעת, או במקרה של עששת מוזנחת.
