סיבוכים של דרכי המרה לאחר השתלת כבד מתפתחים ב-10-20% מהמקרים. אלה כוללים היצרויות, דליפת מרה, פיסטולות ודלקת כולנגיטיס. ייתכן שייצפו היצרויות של אנסטומוזות הנגרמות משגיאות טכניות, דלקת עקב דליפת מרה ופיברוזיס, והיצרויות שאינן קשורות לאנסטומוזות, הנוצרות מעל האנסטומוזה לכיוון פורטה הפטיס, הנגרמות במקרים מסוימים עקב איסכמיה של צינורות הכבד.