סיבוכים של דרכי המרה לאחר השתלת כבד לפתח 10-20% מהמקרים. אלה כוללים מגבלות, זרימת מרה, פיסטולה ו cholangitis. יתכנו מגבלות בהשקה בשל טעויות טכניות, עקב פקיעת דלקת מרה סיסטיק ו stricture, השקה עישון, השקה, נוצר מעל השער לכיוון הכבד שנגרם כמה צינורות איסכמיה המקרים.
