מבחינה קלינית, ניתן לקבוע את האבחנה של שיגלוזיס רק במקרים של גרסה קוליטית טיפוסית של המחלה. כדי להבהיר את האבחנה במקרים שלא אושרו על ידי בדיקות מעבדה, מבוצעת רקטוסקופיה, אשר בכל מקרי השיגלוזיס חושפת תמונה של קוליטיס (קטרלית, דימומית או חמקנית-כיבית) עם נזק לקרום הרירי של המעי הגס הדיסטלי, לעיתים קרובות דלקת הסוגרים.