גילוי הפתוגן הוא בעל חשיבות מכרעת לאישור האבחנה של פנאומוציסטוזיס. החומר העיקרי למחקר הוא כיח, הפרשות סימפונות, שטיפות המתקבלות במהלך שטיפת סימפונות או שטיפת ברונכו-אלוואולרית, חתיכות של רקמת ריאה שנלקחו במהלך ביופסיה טרנס-סימפונותית, דרך עור או פתוחה. לרוב, עקב מצבו החמור של המטופל, מניפולציות אלו אינן מבוצעות על מנת למנוע סיבוכים.
