קביעת סוכן סיבתי הוא חיוני כדי לאשר את האבחנה של pneumocystosis. החומר הבסיסי למחקר - ליחה, פרשות סימפונות, שוטף המתקבל על ידי שטיפת השטיפה הסמפונות או ברונכואלוואולרית, פרוסות רקמת ריאה שנקטו transbronchial, מלעורית או ביופסיה פתוחה. לרוב, בשל המצב החמור של המטופל, מניפולציות אלה לא מבוצעות כדי למנוע סיבוכים.