סכיסטוזומים שייכים למערכה Plathelminthes, מחלקה Trematoda, משפחת Schistosomatidae. חמישה מינים של סכיסטוזומים: Schistosoma mansoni, Schistosoma haematobium, Schistosoma japonicum, Schistosoma intercalation ו- Schistosoma mekongi - הם הגורמים להלמינתיאזיס בבני אדם. סכיסטוזומים נבדלים מכל שאר הנציגים של מחלקת Trematoda בכך שהם דו-ביתיים ובעלי דו-צורתיות מינית.