במקרה של החמרות תכופות של דלקת פיילונפריטיס (יותר משתיים בתוך 6 חודשים), מניעת דלקת פיילונפריטיס מורכבת ממתן קורסים פרופילקטיים חודשיים (1-2 שבועות) של חומרים אנטיבקטריאליים, אולם נכון לעכשיו, לא הושגו נתונים מהימנים המצביעים על כדאיותם של קורסים כאלה.
