חלבון C פעיל מפרק את פקטורי Va ו-VIIIa, ובכך מעכב את תהליך קרישת הדם. כל אחת ממספר מוטציות של פקטור V גורמת לעמידותו לחלבון C פעיל, ובכך מגבירה את הרגישות לפקקת. המוטציה הנפוצה ביותר של פקטור V היא מוטציית ליידן. מוטציות הומוזיגוטיות מגבירות את הסיכון לפקקת במידה רבה יותר ממוטציות הטרוזיגוטיות.