Alloimmune, או isoimmune, neutropenia של ילודים מתרחשת בעובר עקב חוסר תאימות אנטיגני של נויטרופילים של העובר ואת האם. האיזואנטיבונים של האם שייכים למעמד IgG, הם חודרים למחסום השליה ומשמידים את הנויטרופילים של הילד. נוגדנים הם בדרך כלל leukoagglutinins, הם מגיבים עם תאים של המטופל ואביו, לא מגיבים עם תאים של האם.