הטיפול בזיהום מנינגוקוקלי תלוי בצורה הקלינית של המחלה. במקרה של דלקת אף-לוע, הטיפול הוא סימפטומטי. אם האבחנה מאושרת בקטריולוגית, משתמשים בבנזילפניצילין, אמפיצילין, צפלוספורינים מהדור הראשון והשני, כלורמפניקול ופפלוקסצין במינונים טיפוליים ממוצעים למשך 3 ימים. אין להשתמש בקו-טרימוקסאזול ובאמינוגליקוזידים, שרוב הזנים הקיימים כיום של מנינגוקוקוס עמידים להם.