הטיפול בזיהום מנינגוקוקלי תלוי בצורתה הקלינית של המחלה. עם anasopharyngitis, הטיפול הוא סימפטומטי. אם האבחנה אושרה בקטריולוגית, השתמש בנזילצניצילין, אמפיצילין, cephalosporins I-II דור, chloramphenicol, pefloxacin במינון טיפולי ממוצע במשך 3 ימים. אין להשתמש co-trimoxazole, aminoglycosides, אשר רוב הזנים הקיימים כיום meningococcal יציבים.