בשחפת הראשית, נגעים ממוקמים בדרך כלל בלוטות הלימפה, הריאות, הצדר, ולעתים באיברים אחרים: הכליות, המפרקים, העצמות, הצפק. האזור של דלקת ספציפית יכול להיות קטן מאוד להישאר מוסתרים במהלך הבדיקה. עם כמות גדולה של נזק, הוא נמצא בדרך כלל במהלך בדיקות קליניות וקרינה של המטופל.