פתולוגיות של מערכת הרבייה הגורמות למתן שתן תכוף כוללות דלקת הערמונית, אדנומה של הערמונית, אבנים בערמונית וגידולים ממאירים. מתן שתן תכוף הוא אחד הביטויים של מחלות אלו (לרוב אדנומה של הערמונית), אך הן יכולות לשמש גם כמקור לזיהום עולה, במיוחד בדלקת השופכה עולה, דלקת השופכה ואפידרמיטיס.