במקרה של זיהום מולד בציטומגלווירוס, אופי הנזק העוברי תלוי בתקופת ההדבקה. זיהום חריף בציטומגלווירוס אצל האם ב-20 השבועות הראשונים להריון יכול להוביל לפתולוגיה עוברית חמורה, הגורמת להפלה ספונטנית, מוות תוך רחמי של העובר, לידה שקטה, מומים, שברוב המקרים אינם תואמים את החיים. במקרה של זיהום בציטומגלווירוס בשלבים המאוחרים של ההריון, הפרוגנוזה לחייו ולהתפתחותו התקינה של הילד חיובית יותר.