תסמיני זאבת אדמנתית מערכתית מאופיינים בפולימורפיזם בולט, אך כמעט 20% מהילדים סובלים מוריאנטים חד-איברים של תחילת המחלה. מהלך הזאבת אדמנתית מערכתית הוא בדרך כלל גלי, עם תקופות מתחלפות של החמרות והפוגות. באופן כללי, זאבת אדמנתית מערכתית אצל ילדים מאופיינת בהופעה ובמהלך חריפים יותר של המחלה, הכללה מוקדמת ואלימה יותר, ותוצאה פחות טובה מאשר אצל מבוגרים.