מחסור מולד של enterokinase מתואר, כמו גם חולשה זמנית של האנזים בתינוקות מוקדמים מאוד. בשל מחסור של enterokinase, התרגום של טריפסנין לתוך טריפסין הוא שיבשו, כתוצאה מכך - פיצול של חלבון במעי הדק. עם הפתולוגיה התריסריון, מחסור של duodenase, המוביל מחסור פפטידז, הוא גם אפשרי.