הסוכן הסיבתי של דלקת קרום המוח נגיפית משתייך לסוג פלאביוירוס. Virion יש צורה כדורית, בקוטר של 40-50 ננומטר, מכיל RNA, מתרבה היטב בתרביות רקמות רבות. של חיות מעבדה, עכברים לבנים, אוגרים, קופים, חולדות כותנה הם הכי רגישים לנגיף. רגישים לדבקת דלקת קרום המוח הנגרמת ובעלי חיים מקומיים רבים.