גנום HCV מיוצג על ידי RNA חד-גדילי בעל מטען חיובי, המקודד ל-3 חלבונים מבניים (ליבת חלבון נוקלאוקפסיד ונוקלאופרוטאינים של המעטפת E1-E2) ו-5 חלבונים מבניים (NS1, NS2, NS3, NS4, NS5). RNA מסונתזים עבור כל אחד מחלבונים אלה, אשר נמצאים בדם של חולים עם הפטיטיס C נגיפית.