כל פרוביוטיקה מחולקים למספר קבוצות, תלוי מה הבסיס של הסיווג. ההרכב הפרוביוטי עשוי להכיל מספר מרכיבים, בהקשר זה, ההכנות monocomponent מבודדים, כי יש רק סוג אחד ספציפי של חיידקים. מיקרואורגניזמים אלה הם ללא ספק שימושי עבור המעי, במיוחד עבור microflora.