הכנת המטופל לאנדוסקופיה עשויה להיות בעלת תכונות מסוימות, בהתאם לאופי המחקר (מתוכנן או חירום), כמו גם למצב הכללי של המטופל. עם אנדוסקופיה מתוכננת, החולה לא צריך לקחת מזון לפחות 4 שעות לפני המחקר.
יצוין כי בנוכחות המחלה אצל חולה, וזה איום ישיר על חייו, ביצוע אנדוסקופיה הוא מוצדק לחלוטין. אז, gastroduodenoscopy צריך גם להחזיק חולה עם אוטם לבבי או שבץ אקוטי במקרה של דימום במערכת העיכול שלו לזהות את הסיבות ואת מידת הדימום, וכדי לעצור את זה.
