נכון לעכשיו, אין סיווג מקיף של הסיבות להפלה. נראה כי הדבר נובע מכך שקשה לצמצם את מגוון הגורמים המביאים להפלה למערכת אחת
המונח ניתוק מתייחס לשני מצבים: ניתוק מיידי (שלבים מוקדמים) ומצב קריטי (אמצע או מאוחר בהריון). במקרה הראשון, זהו אות מדאיג להפלה אפשרית.
גורמים חברתיים-ביולוגיים משפיעים באופן משמעותי על מהלך ההיריון ולכן עשויים להיות קשורים להפלה. חוקרים רבים מקשרים בין הפלות למקום מגוריהם.
בהקשר לשימוש בשיטות מחקר גנטי, ישנן הזדמנויות משמעותיות להרחבת ההבנה של ראשית ההפלה הספונטנית.
אפילו לפני 20 שנה, האמנו שהסיבה השכיחה ביותר להפלה היא הפרעה אנדוקרינית בגוף האם, והסיבה הנפוצה ביותר נקראת hypofunction השחלות.
בין ההפרעות ההורמונליות המוליכות להפלה, מקום גדול מאוד נמצא על ידי היפרנדרוגניזם - מצב פתולוגי הנגרם על ידי שינויים בהפרשת חילוף החומרים של אנדרוגנים.
לדברי חוקרים רבים, במקרה של hyperprolactinemia, פוריות הוא ציין דווקא בגלל השפעתה על סטרואידוגנזה עודף של אנדרוגנים, אבל אם ההריון התרחש, אז כמובן שלה ממשיך בדרך כלל ללא סיבוכים משמעותיים.
שאלת התפקיד האטיולוגי של הזיהום מתבטאת בספרות. כמה חוקרים מאמינים כי זיהום הוא אחד הגורמים המשמעותיים ביותר של הפלה, הן סדיר ו הרגיל, בעוד אחרים מאמינים כי הפרעה ספוראדית, אולי זיהום משחק תפקיד, ועל הרגיל - לא.
זיהום תוך רחמי עם זיהום ציטומגלווירוס הוא הנפוץ ביותר בקרב זיהומים אחרים ומתרחש 0.4-0.3% (בממוצע ב 1%) של כל התינוקות, אם כי נתון זה משתנה באופן נרחב בקרב אוכלוסיות שונות.
הרפס גניטלי הוא אחד זיהומים אנושיים הנפוצים ביותר. רוב החוקרים מאמינים כי התדירות האמיתית של נגיף הרפס סימפלקס אצל נשים אינו ידוע, שכן חלקם של צורות אסימפטומטיות נושאת וירוסים גבוהה.